Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP41Q3LFD5 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP41Q3LFD5 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms