Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
USP4Q13107 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP4Q13107 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP4Q13107 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP4Q13107 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP4Q13107 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP4Q13107 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms