Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIG3P49916 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIG3P49916 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIG3P49916 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms