Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.6 ms