Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms