Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 CYB561A3-215ENST00000540317 1557 ntTSL 312.9□□□□□ -0.347e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 CYB561A3-201ENST00000294072 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.657e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 CYB561A3-202ENST00000426130 3205 ntTSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.727e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 CYB561A3-221ENST00000546151 3986 ntTSL 3 BASIC9.35□□□□□ -0.917e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.417e-8■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.37e-8■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.237e-8■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 GPR107-203ENST00000372410 6991 ntTSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.721e-6■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 GPR107-201ENST00000347136 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.791e-6■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 GPR107-202ENST00000372406 7353 ntTSL 1 (best) BASIC9.8□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-211ENST00000569339 820 ntTSL 327.54■■■□□ 22e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-206ENST00000471775 577 ntTSL 526.95■■□□□ 1.92e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-209ENST00000567190 472 ntTSL 426.84■■□□□ 1.892e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-202ENST00000423414 616 ntTSL 425.77■■□□□ 1.722e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-204ENST00000431189 803 ntTSL 324.84■■□□□ 1.572e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-206ENST00000565097 1147 ntTSL 224.23■■□□□ 1.472e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-205ENST00000564518 513 ntTSL 224.23■■□□□ 1.472e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.382e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.382e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-203ENST00000429901 565 ntTSL 422.87■■□□□ 1.252e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-209ENST00000495239 567 ntTSL 222.74■■□□□ 1.232e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-210ENST00000495836 965 ntTSL 1 (best)22.52■■□□□ 1.22e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-212ENST00000569700 1156 ntTSL 1 (best)22.22■■□□□ 1.152e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-205ENST00000433079 1262 ntTSL 1 (best)20.15■□□□□ 0.822e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.732e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-204ENST00000564445 864 ntTSL 317.36■□□□□ 0.372e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.172e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.22e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-208ENST00000451786 3505 ntTSL 2 BASIC12.57□□□□□ -0.42e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-201ENST00000406297 4499 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.512e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 RIF1-202ENST00000414861 2534 ntTSL 1 (best)10.41□□□□□ -0.742e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 SOX6-202ENST00000396356 8865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.15□□□□□ -1.272e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 SOX6-201ENST00000316399 8808 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.62□□□□□ -1.352e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 AAK1-203ENST00000409085 11345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.57□□□□□ -1.362e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 LINC-PINT-206ENST00000435523 553 ntTSL 33.2□□□□□ -1.92e-9■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.112e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 DEAF1-210ENST00000529717 705 ntTSL 521.94■■□□□ 1.12e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 DEAF1-203ENST00000525626 585 ntTSL 315□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 ANAPC16-203ENST00000478193 734 ntTSL 215.71■□□□□ 0.112e-20■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 ANAPC16-201ENST00000299381 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.612e-20■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 ANAPC16-205ENST00000621663 3567 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.04□□□□□ -0.642e-20■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 ANAPC16-204ENST00000615507 3100 ntTSL 3 BASIC10.21□□□□□ -0.782e-20■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 ANAPC16-202ENST00000470481 1828 ntTSL 1 (best)9.96□□□□□ -0.812e-20■■■■■ 29.4
LIN28BQ6ZN17 WDR13-212ENST00000498631 859 ntTSL 223.52■■□□□ 1.363e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 WDR13-208ENST00000486125 936 ntTSL 223.52■■□□□ 1.363e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.593e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 WDR13-204ENST00000470124 437 ntTSL 318.73■□□□□ 0.593e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.373e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 WDR13-209ENST00000492715 2612 ntTSL 515.85■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 CFAP20-203ENST00000562622 1605 ntTSL 515.38■□□□□ 0.057e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 CFAP20-201ENST00000262498 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.167e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 MAMDC4-203ENST00000479475 2603 ntTSL 1 (best)18.9■□□□□ 0.628e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 MAMDC4-202ENST00000445819 3895 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.38e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 MAMDC4-201ENST00000317446 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.38e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 MAMDC4-205ENST00000485732 4112 ntTSL 1 (best)12.79□□□□□ -0.368e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 KMT2A-201ENST00000389506 13655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.772e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 KMT2A-213ENST00000534358 16602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.87□□□□□ -1.312e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRRAP-202ENST00000359863 12677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.75□□□□□ -1.338e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRRAP-207ENST00000628380 12644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.74□□□□□ -1.338e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRRAP-205ENST00000456197 11654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)6.67□□□□□ -1.348e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRRAP-201ENST00000355540 12590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.6□□□□□ -1.358e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 KIAA0232-201ENST00000307659 7841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.39□□□□□ -1.398e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 KIAA0232-202ENST00000425103 7771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.36□□□□□ -1.398e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.54□□□□□ -1.528e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.043e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TIMP2-204ENST00000586057 3389 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.763e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TIMP2-202ENST00000536189 3415 ntTSL 2 BASIC9.88□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TIMP2-203ENST00000585421 3345 ntTSL 3 BASIC9.87□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 CSE1L-202ENST00000396192 3459 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.559e-19■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 CSE1L-201ENST00000262982 3553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.34□□□□□ -0.599e-19■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRIM56-202ENST00000412507 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)21.22■□□□□ 0.992e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRIM56-204ENST00000487252 735 ntTSL 314.09□□□□□ -0.152e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 TRIM56-201ENST00000306085 10952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.492e-9■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.029e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.79e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.689e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.589e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-212ENST00000513975 1464 ntTSL 216.41■□□□□ 0.229e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.079e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-210ENST00000511376 582 ntTSL 515.41■□□□□ 0.069e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-205ENST00000505125 3180 ntTSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.299e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-208ENST00000510668 599 ntTSL 510.5□□□□□ -0.739e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 FIP1L1-213ENST00000514543 1465 ntTSL 55.58□□□□□ -1.529e-16■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 CLNS1A-206ENST00000526761 415 ntTSL 38.46□□□□□ -1.062e-7■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 BMP2K-203ENST00000502613 6902 ntTSL 1 (best)4.76□□□□□ -1.651e-12■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.625e-8■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 SORT1-203ENST00000471996 469 ntTSL 322.4■■□□□ 1.184e-12■■■■■ 29.3
LIN28BQ6ZN17 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.052e-8■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.052e-8■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 ANAPC5-220ENST00000544442 915 ntTSL 516.04■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 ANAPC5-217ENST00000541652 753 ntTSL 26.18□□□□□ -1.421e-6■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 GORASP2-208ENST00000488928 546 ntTSL 35.89□□□□□ -1.472e-14■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-211ENST00000590439 764 ntTSL 521.41■■□□□ 1.021e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-202ENST00000535070 1094 ntTSL 219.26■□□□□ 0.671e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-204ENST00000585763 826 ntTSL 518.56■□□□□ 0.561e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-207ENST00000587716 559 ntTSL 417.42■□□□□ 0.381e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-215ENST00000606725 728 ntTSL 317.3■□□□□ 0.361e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-209ENST00000588731 2282 ntTSL 1 (best)16.77■□□□□ 0.271e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-206ENST00000587119 2177 ntTSL 215.56■□□□□ 0.081e-11■■■■■ 29.2
LIN28BQ6ZN17 SUGP1-201ENST00000247001 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.371e-11■■■■■ 29.2
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 301.5 ms