Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CHD3Q12873 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
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