Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CUX1P39880 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CUX1P39880 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.22
CUX1P39880 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CUX1P39880 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CUX1P39880 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CUX1P39880 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC35.16■■■■□ 3.22
CUX1P39880 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CUX1P39880 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CUX1P39880 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CUX1P39880 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CUX1P39880 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms