Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms