Protein–RNA interactions for Protein: P09429

HMGB1, High mobility group protein B1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1P09429 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HMGB1P09429 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HMGB1P09429 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms