Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
USF3Q68DE3 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms