Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CTCFP49711 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CTCFP49711 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CTCFP49711 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CTCFP49711 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CTCFP49711 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CTCFP49711 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms