Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms