Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS4AQ9UN37 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS4AQ9UN37 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS4AQ9UN37 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS4AQ9UN37 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms