Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HERPUD2Q9BSE4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms