Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP41Q3LFD5 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP41Q3LFD5 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms