Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms