Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A1P12109 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms