Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms