Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXD4P09016 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms