Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms