Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms