Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms