Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC87Q9NVE4 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms