Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC140Q96MF4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC140Q96MF4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms