Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HPS3Q969F9 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms