Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHHQ15465 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHHQ15465 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHHQ15465 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHHQ15465 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHHQ15465 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHHQ15465 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHHQ15465 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
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