Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CTCFP49711 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTCFP49711 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTCFP49711 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTCFP49711 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTCFP49711 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTCFP49711 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTCFP49711 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTCFP49711 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms