Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
HOXC9P31274 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXC9P31274 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXC9P31274 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXC9P31274 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXC9P31274 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXC9P31274 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms