Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC36.65■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC36.65■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.46
CCDC88BA6NC98 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC88BA6NC98 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms