Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP3Q9Y3E7 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms