Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms