Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.6
USP40Q9NVE5 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms