Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.5 ms