Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms