Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms