Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms