Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.5 ms