Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms