Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SOX4Q06945 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SOX4Q06945 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms