Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
MSH2P43246 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
MSH2P43246 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
MSH2P43246 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
MSH2P43246 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSH2P43246 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
MSH2P43246 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms