Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.6 ms