Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF541Q9H0D2 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
ZNF541Q9H0D2 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms