Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIG3P49916 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIG3P49916 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG3P49916 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms