Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BDNFP23560 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
BDNFP23560 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
BDNFP23560 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
BDNFP23560 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
BDNFP23560 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
BDNFP23560 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
BDNFP23560 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms