Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms