Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC42Q96M95 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms