Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHHQ15465 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHHQ15465 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHHQ15465 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHHQ15465 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHHQ15465 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHHQ15465 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHHQ15465 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHHQ15465 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
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