Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	RPL8B	YLL045C	771 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RPL18A	YOL120C	561 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GRX7	YBR014C	612 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	VID27	YNL212W	2349 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	NAT1	YDL040C	2565 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TAF6	YGL112C	1551 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PKH1	YDR490C	2301 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TAF8	YML114C	1533 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TFB2	YPL122C	1542 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PET100	YDR079W	336 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YDR526C	YDR526C	471 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MIG3	YER028C	1185 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	EPT1	YHR123W	1176 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MRPL49	YJL096W	486 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YKL033W-A	YKL033W-A	711 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RDN58-1	RDN58-1	158 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RDN58-2	RDN58-2	158 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MCT1	YOR221C	1083 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YPL035C	YPL035C	348 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	CUP9	YPL177C	921 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	ATP20	YPR020W	348 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PRM15	YMR278W	1869 nt		3.5	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YDR340W	YDR340W	303 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YGR064W	YGR064W	369 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YGR114C	YGR114C	390 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PTI1	YGR156W	1278 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GEP4	YHR100C	558 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	SOP4	YJL192C	705 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RPL15A	YLR029C	615 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YNL303W	YNL303W	348 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	VAC8	YEL013W	1737 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MYO3	YKL129C	3819 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	STE24	YJR117W	1362 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	AI4	Q0065	1671 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MDN1	YLR106C	14733 nt		3.49	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	FAA2	YER015W	2235 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	NEM1	YHR004C	1341 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MCD4	YKL165C	2760 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	DPP1	YDR284C	870 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	EST3	YIL009C-A	546 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PEX15	YOL044W	1152 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	SAS5	YOR213C	747 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YOR238W	YOR238W	912 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TSR1	YDL060W	2367 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	THR4	YCR053W	1545 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YMR317W	YMR317W	3423 nt		3.48	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GCD2	YGR083C	1956 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	NTO1	YPR031W	2247 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	HEF3	YNL014W	3135 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TGL3	YMR313C	1929 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RPS29B	YDL061C	171 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GUK1	YDR454C	564 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	COG7	YGL005C	840 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	THP2	YHR167W	786 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	IKI1	YHR187W	930 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YBL039W-B	YBL039W-B	180 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	HUB1	YNR032C-A	222 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	CIN2	YPL241C	807 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YPR136C	YPR136C	513 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	CBP6	YBR120C	489 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MIG1	YGL035C	1515 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	MSM1	YGR171C	1728 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GCD1	YOR260W	1737 nt		3.47	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YDR261W-A	YDR261W-A	1317 nt		3.46	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PHO5	YBR093C	1404 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	CIN8	YEL061C	3003 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	GPM2	YDL021W	936 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	snR83	snR83	306 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	PSF1	YDR013W	627 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	PPH3	YDR075W	927 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	PDS1	YDR113C	1122 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YDR491C	YDR491C	492 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RIM9	YMR063W	720 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RCE1	YMR274C	948 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SCD6	YPR129W	1050 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YRM1	YOR172W	2361 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	NSP1	YJL041W	2472 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	OAF3	YKR064W	2592 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	NUP85	YJR042W	2235 nt		3.46	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RAD26	YJR035W	3258 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YEA4	YEL004W	1029 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SHH3	YMR118C	591 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RRP36	YOR287C	903 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YBR287W	YBR287W	1284 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	POL1	YNL102W	4407 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SIN4	YNL236W	2925 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	STU2	YLR045C	2667 nt		3.45	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SSM4	YIL030C	3960 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	HUL5	YGL141W	2733 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YKL050C	YKL050C	2769 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	KRI1	YNL308C	1776 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	CDC40	YDR364C	1368 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RPL13A	YDL082W	600 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YJR111C	YJR111C	852 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RPS30A	YLR287C-A	192 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RUF5-1	RUF5-1	710 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RUF5-2	RUF5-2	710 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	PNG1	YPL096W	1092 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YBR103C-A	YBR103C-A	144 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YDL176W	YDL176W	2127 nt		3.44	□□□□□ -1.86

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