Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG1P18858 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG1P18858 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG1P18858 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG1P18858 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG1P18858 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG1P18858 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIG1P18858 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG1P18858 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG1P18858 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG1P18858 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms